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近日(ri),New Phytologist杂志在线发表了来自Robert Hill等人题为“Discrete and cell-specific hypoxic responses in Arabidopsis roots resolved by single-nuclei tranomics”的研(yan)究文章。该研(yan)究行使高分辨率单细胞核RNA测序技术,首次(ci)在单细胞层面系统(tong)绘制了拟(ni)南(nan)芥根尖相应早期缺氧胁(xie)迫的时空动态转录图谱,展(zhan)现了不同细胞类型在代谢重组、激素信(xin)号及发育(yu)调节(jie)中的高度异质性相应计谋,为理解植物根系顺应洪水胁(xie)迫的细胞生物学机制提供了亘古(gu)未有的精细视角,对(dui)培(pei)育(yu)耐涝作物具有紧张实际(ji)指导意义。

跟(gen)着环球(qiu)变暖导致弗成预测的洪水事件加剧,理解植物根细胞如何感知和相应氧气(qi)匮(gui)乏(缺氧)相当紧张。以往研(yan)究多(duo)存眷全体器官或特定地区对(dui)缺氧的相应,但由于根系由多(duo)种处(chu)于不同发育(yu)阶(jie)段的细胞类型构成,且氧气(qi)扩散受限大概导致根内构成缺氧焦点,因此不同细胞类型对(dui)缺氧的相应存在明(ming)显差别。传(chuan)统(tong)的批量(liang)转录组学方法难以剖析这种细胞类型特异性的相应机制。只管已有研(yan)究通过分离特定细胞类型探索(suo)了低氧胁(xie)迫下的转录和翻译变更(geng),但全面、高分辨率地展(zhan)现根尖所有细胞类型在缺氧早期阶(jie)段的转录组重塑仍然是一个(ge)挑战。
该研(yan)究首先通过单细胞核RNA测序技术,阐明(ming)了经由4小经常氧(21%氧气(qi))或低氧(4%氧气(qi))处(chu)理的拟(ni)南(nan)芥幼苗(miao)根尖细胞的转录组。研(yan)究发现,缺氧诱导了广泛的转录组重编程,这种变更(geng)在分生区细胞(运动中心除外)中最为明(ming)显。

然后,研(yan)究进一步通过代谢通路富(fu)集阐明(ming)和枢纽基因表达(da)图谱绘制,发现了碳氮代谢的协同重塑:碳代谢方面,糖酵(jiao)解/糖异生通路在多(duo)数细胞类型中被明(ming)显上调,淀粉储备下落,以增加碳水化(hua)合(he)物供给来驱动发酵(jiao)途径产生能(neng)量(liang);氮代谢方面,硝酸盐(yan)和亚硝酸盐(yan)还(hai)原酶基因普遍上调,其产物一方面大概通过植物球(qiu)蛋(dan)白-一氧化(hua)氮循环来维持能(neng)量(liang)生产和低落细胞还(hai)原水平,另一方面大概通过天(tian)冬氨酸氨基转移(yi)酶的上调来绕过受抑制的三羧酸循环。


终究,研(yan)究表明(ming)缺氧还(hai)触(chu)发了强烈的激素与信(xin)号转导相应,包含乙烯生物分解基因的广泛诱导,以及钙信(xin)号和发展(zhan)素相关基因的细胞类型特异性变更(geng),这共同构成了根系顺应缺氧的早期、多(duo)层次(ci)调控网络。

总(zong)结(jie)而言,本研(yan)究通过高分辨率的单细胞转录组学技术,精细解码了植物根尖应对(dui)缺氧胁(xie)迫的庞大细胞类型特异性蓝图。其意义在于将植物对(dui)缺氧相应的认知从组织水平推进到了单细胞水平,明(ming)白了分生区细胞(特别是运动中心四周的起始细胞)是相应和协调缺氧顺应的焦点地区,并展(zhan)现了碳氮代谢在细胞能(neng)量(liang)稳态维持中的精密偶联关系。

论文链接:https://nph.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/nph.70874
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